Le format des vidéos d'entrées vient de yt-dlp : nom-de-video [chiffres].mp4
Les sous-titres : nom-de-video [chiffres].lang.vtt

Le script :

#!/bin/sh

for file in *.mp4
do
    NAME=${file%.*}
    # echo "${NAME}"

    VTT_FR=`ls "${NAME}"*.fr.vtt`
    VTT_BR=`ls "${NAME}"*.br.vtt`
    # echo "${VTT_BR}"
    # echo "${VTT_FR}"

    NEW_NAME=`echo "${NAME}" | sed -e 's/[ ]\[[0-9]*\]//g'`
    # echo "${NEW_NAME}"

    ffmpeg -i "${file}" -i "${VTT_BR}" -i "${VTT_FR}" -map 0 -map 1 -map 2 -c copy -metadata:s:s:0 language=bre -metadata:s:s:1 language=fra "${NEW_NAME}.mkv"
done

Un site pour générer des commandes ffmpeg

Des commandes pratiques avec ffmpeg pour compresser des vidéos